ගාණක් හදද්දී ධන සෘණ මාරු කරගත්තොත් සෑහෙන අවුලක් වෙනවා. විදුලිය එක්ක වැඩ කරද්දී වුනත් ඔය ප්‍රශ්නය තියෙනවා. තවත් නොයෙක් හේතු නිසා වයර් මාරු වීම් වෙලා විවිධ අවුල් ඇති වෙනවා. මේ දවස් වල අහන්න ලැබෙන සමහර දේවල් වලට අපෙත් වයර් මාරු වෙනවා.
මේ වෙද්දී ලංකාවේ කොරෝනා රෝගීන් ගණන 823ක්. හෙට වෙද්දී ඔය ගණන 850ක්වත් වෙන්න පුළුවන්. තව දාහතක් හොයා ගත්තොත් 850ක් වෙනවනේ. හැබැයි සමහර විට හෙට වෙද්දී ගණන 800ක් වෙන්න වුනත් බැරි නැහැ. දැනට පොසිටිව් වෙලා ඉන්න 23ක් නෙගටිව් කියලා හෙට වෙද්දී හොයා ගත්තොත් ගාණ 800 වෙනවනේ.
ලෝකේ අනෙක් රටවල පීසීආර් පරීක්ෂණ කරලා කොරෝනා ආසාදිත අය හා ආසාදිත නැති අය ලෙස ගොඩවල් දෙකකට වෙන් කරනවා. ලංකාවේනම් ඌණ ආසාදිත කියලා තුන් වන කොටසකුත් ඉන්නවා. චතුර්කෝටික කතාවක් වගේ. වෛරසය ආසාදනය වී ඇත්තේද නැති නැත්තේද නැති අයද? මැරිච්ච අය අතරේත් සම්පූර්ණයෙන් මැරිච්ච නැති අය ඉන්නවද?
පීසීආර් පරීක්ෂණයකින් කරන්නේ කොරෝනා වෛරසය හඳුනාගැනීමයි. තාක්ෂණික කරුණු ගැන උනන්දුවක් දක්වන අය කියවන අය අතර ඉන්න නිසා මේ වෛරසය කුමක්ද කියලා මුලින්ම බලමු.
වෛරස් වර්ග කාණ්ඩ හතකට වර්ග කෙරෙනවා. ඒ අතරින් කොරෝනා වෛරසය කියා පොදුජන වහරේ හැඳින්වෙන SARS-COV2 වෛරසය අයත් වන්නේ "පොසිටිව්-සෙන්ස් සිංගල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් ආර්එන්ඒ වෛරස්" කැටගරියටයි. වාසගමේ කෑලි තුනෙන් මේ වයිරස් කාණ්ඩයේ ලක්ෂණ තුනක් විස්තර කෙරෙනවා.
මුලින්ම අපි ආර්එන්ඒ කියන කොටස ගනිමු. මේ වෛරසය හැදී තිබෙන ජානමය ද්‍රව්‍යය ආර්එන්ඒ. අපි හැදිලා තියෙන්නේ වගේම වෙනත් ඇතැම් වයිරස්ද හැදී තිබෙන්නේ ඩීඑන්ඒ වලින්. ආර්එන්ඒ අනුවක හා ඩීඑන්ඒ අනුවක මූලික වෙනස්කම් කිහිපයක් තිබෙනවා. මේ එක් එක් අණුවක් හැදී තිබෙන්නේ මූලික රසායන හතරක් කිසියම් රටාවකට වැලක් සේ සම්බන්ධ වීමෙන්.
ඇඩිනින් adenine (A)
සයිටොසින් cytosine (C)
ගුඇනින් guanine (G)
තයිමීන් thymine (T) හෝ යුරසිල් uracil (U)
මේ රසායන වරහන් තුළ ඇති ඉංග්‍රීසි අකුරු වලින් කෙටියෙන් හඳුන්වනවා. ආර්එන්ඒ අණුවක් හා ඩීඑන්ඒ අණුවක් වෙනස් වන ප්‍රධාන කාරණයක් වන්නේ ඩීඑන්ඒ අණුවක තිබෙන තයිමීන් වෙනුවට ආර්එන්ඒ අණුවක යුරසිල් තිබීමයි. අදාළ වර්ග හතර වැලක් සේ සම්බන්ධව තිබෙනවා.
නිකමට හිතාගන්න වෙසක් එකට දමන පාට හතරක බල්බ් තිබෙන බල්බ් වැලක් කියා. ඩීඑන්ඒ අණුවක තිබෙන පාට තුනක්ම ආර්එන්ඒ අණුවකත් තිබෙනවා. හතරවන පාට පමණක් වෙනස්. මේ බල්බ් සම්බන්ධ වී තිබෙන්නේ සීනි හා පොස්පේට් රසායන වලින් හැදුණු වයර් එකකටයි. වයර් එකේ ප්ලග් බේස් එකට ගහන පැත්තක් තියෙනවා කියා හිතන්න. ඒ වගේ මේ දාමයේත් අන්ත දෙකක් තිබෙනවා. ඒවා හඳුන්වන්නේ 5' අන්තය හා 3' අන්තය ලෙසයි. මේ අනුව, බල්බ් වැලේ රටාව 5' 3' දිශාවට හෝ 3' 5' දිශාවට කියවන්න පුළුවන්.
අපි හිතමු 5' 3' දිශාවට රටාව මේ වගේ කියා.
A C G A T A G C C T
මේ රටාව 3' 5' දිශාවට කියෙවුවොත් රටාව මේ වගේ.
T C C G A T A G C A
සාමාන්‍යයෙන් DNA හෝ RNA අණුවක් ගොඩනැගෙන්නේ 5' අන්තයේ සිට පටන් අරගෙනයි. ඒ කියන්නේ 5' 3' දිශාවට. මිනිස් ජෙනෝමයක මේ වගේ "බල්බ්" බිලියන තුනකටත් වඩා තිබෙනවා. අපේ ජානමය සැකැස්ම ලියැවී තියෙන්නේ ඒ "බල්බ්" වල වර්ණ රටාවේ. SARS-CoV-2 බල්බ් වැල අපේ ජෙනෝමයට සාපේක්ෂව ඉතා කෙටියි. එහි තිබෙන්නේ බල්බ් තිස් දහසක පමණ ප්‍රමාණයක්.
දැන් අපි සිංගල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් කියන කොටසට එමු. මේ විදිහට හඳුන්වන්නේ ඩබල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් වෛරස්ද තිබෙන නිසයි. එය ඉහත කී ආකාරයේ බල්බ් වැල් දෙකක එකතුවක්. අපේ DNA එක හැදී තිබෙන්නේත් මේ වගේ බල්බ් වැල් දෙකකින්. එක වැලක තිබෙන හැම බල්බ් එකක්ම අනෙක් වැලේ බල්බ් එකක් එක්ක සම්බන්ධ වී තිබෙනවා. මේ විදිහට වැල් දෙකේ බල්බ් සම්බන්ධ වන රටාවක් තිබෙනවා.
- A හැම විටම T (හෝ U) සමඟ සම්බන්ධ වෙනවා.
- C හැම විටම G සමඟ සම්බන්ධ වෙනවා.
අපි මුලින් ගත් රටාව සමඟ සම්බන්ධ වන අනෙක් බල්බ් වැල දෙස බලමු.
A C G A T A G C C T
T G C T A T C G G A
උඩින් තිබෙන්නේ මුල් රටාව. දෙවනුව තිබෙන්නේ ඒ සමඟ සම්බන්ධ වන රටාව. ඔබට පෙනෙනවා ඇති මේ රටා දෙකෙන් එකක් දන්නවානම් අනිත් එක පහසුවෙන් හදාගන්න පුළුවන් බව. එකක් කිසියම් මූර්තියක් කියා හිතුවොත් අනිත් එක අච්චුව වගේ. අච්චුවෙන් මූර්තියේ පිටපත් ඕනෑ තරම් හදාගන්න පුළුවන්. ඒ වගේම මූර්තියෙන් ඕනෑ තරම් අච්චු හදාගන්නත් පුළුවන්.
මේ වැල් දෙකේ තවත් විශේෂත්වයක් වන්නේ ඒ දෙක හැම විටම ප්‍රතිවිරුද්ධ දිශාවන්ට පිහිටන පරිදි සම්බන්ධ වීමයි. පළමු රටාව යන්නේ 5' 3' දිශාවටනම් දෙවන රටාව යන්නේ 3' 5' දිශාවටයි.
SARS-COV2 වැනි සිංගල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් වෛරසයක මේ වගේ කොටස් දෙකක් නැහැ. කොටස් දෙකක් තිබෙන විට පිටපත් වීමේදී සිදුවන දෝෂ පහසුවෙන් පරීක්ෂා කර නිවැරදි කරගත හැකියි. තනි වැලකින් හැදුනු වෛරසයකට එය කිරීම අසීරු නිසා පිටපත් හැදීමේදී වැරදි වැඩිපුර සිදු වෙනවා.
සිංගල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් වෛරසයක එකට සම්බන්ධ වූ වැල් දෙකක් නැති නිසා තිබෙන එක 5' 3' දිශානුගත (පොසිටිව් සෙන්ස්) එකක් හෝ 3' 5' දිශානුගත එකක් (නෙගටිව් සෙන්ස්) විය හැකියි. SARS-COV2 වෛරසය පොසිටිව් සෙන්ස් එකක්.
මේ වගේ සිංගල්-ස්ට්‍රැන්ඩඩ් ආර්එන්ඒ වෛරසයක් "බෝ වෙන්නේ" මිනිස් (හෝ වෙනත් සත්ත්ව) සෛල වල තිබෙන ජීව ද්‍රව්‍ය අරගෙනයි. පොසිටිව් සෙන්ස් වෛරසයක් මුලින්ම එහි නෙගටිව්-සෙන්ස් අච්චු රාශියක් හදනවා. ඉන් පසු මේ එක් එක් අච්චුව පොසිටිව් සෙන්ස් වෛරස් හදන්න පටන් ගන්නවා. ඔය වැඩේ වැල වගේ වෙනවා.
පීසීආර් පරීක්ෂණයකින් කරන්නේත් මීට සමාන දෙයක් කෘතීම ලෙස කර මුල් සාම්පලයේ තිබෙන ආර්එන්ඒ අණු වලින් තවත් අනු විශාල ප්‍රමාණයක් හදන එකයි. එය කරන්නේ වෛරසය තිබෙන්නට ඉඩ ඇති ජීව ද්‍රව්‍ය සාම්පලයක් පෝෂක මාධ්‍යයක දමා නිශ්චිත කාලාන්තර වල උෂ්ණත්වය වෙනස් කිරීම මඟින්, උදාහරණයක් විදිහට මිනිත්තු 20ක් සෙන්ටිග්‍රේඩ් අංශක 50 උෂ්ණත්වයේ තබා, මිනිත්තු 3ක් සෙන්ටිග්‍රේඩ් උෂ්ණත්වය අංශක 95 දක්වා ඉහළ දමා ඉන්පසුව මිනිත්තුවක් තුළ සෙන්ටිග්‍රේඩ් අංශක 40 දක්වා සිසිල් කිරීම එක් චක්‍රයක් කියමු. මේ තාප චක්‍රය අවසන් වන විට එක් RNA අනුවකින් පිටපත් ගණනක් (අපි කියමු 50ක් කියා) හැදිලා. දෙවන චක්‍රය අවසන් වන විට එකකින් පිටපත් 50x50 = 2500ක් හැදිලා. ඔය විදිහට හැම තාප චක්‍රයක් අවසානයේදීම වෛරසය ඝාතීය ලෙස වර්ධනය වෙනවා.
ආපහු අපි අර පරණ බල්බ් කතාවට යමු. දැන් මේ බල්බ් වැලෙන් අච්චුවක් හදන එක අපි අතින් කරනවානම් අපිට එහි රටාව දෙස බලා A නම් T, G නම් C ආදී ලෙස ගැලපෙන බල්බ් තෝර තෝර එකින් එක අමුණන්න වෙනවනේ. අපි කියමු ඊළඟට අවශ්‍ය වෙන බල්බ් පිළිවෙළ මෙහෙමයි කියලා.
A T C G
දැන් අපි වැලට අමුණන්න බල්බ් හොයා හොයා ඉන්න කොට හරියටම ඔය පිළිවෙලටම සම්බන්ධ වූ බල්බ් හතරක කෑල්ලක් හම්බ වුනොත් ඒ කෑල්ල අරගෙන අමුණනවා මිසක් එකින් එක වෙන වෙනම අමුණන්නේ නැහැනේ. වෛරස් පිටපත් හැදෙන කොටත් ඔය වැඩේම වෙනවා. ගැලපෙන කෑල්ලක් තිබුණොත් පටස් ගාලා කෑල්ල පිටින්ම ගන්නවා.
පීසීආර් පරීක්ෂණයේදී කරන්නේ ඔය වගේ කෑලි හදලා මිශ්‍රණයට එකතු කරන එකයි. හදන්න ඕනෑ මොන වගේ කෑල්ලක්ද කියන එක මුලින්ම තීරණය කරන්න ඕනෑ. අපි හිතමු මේ වගේ රටාවක්.
A T C G A T C G C G A T
පළමුව මේ රටාව තියෙන්නේ SARS-CoV-2 වෛරසයේ පමණක් විය යුතුයි. අනෙක් වෛරස් වල එම රටාව නැති විය යුතුයි. දෙවනුව හැම SARS-CoV-2 වෛරසයකම වගේ මේ රටාව තියෙන්නත් ඕනෑ. එක් එක් SARS-CoV-2 වෛරසයේ රටාව 100%ක්ම සමාන නැති බව මම කලින් ලිපි වල විස්තර කරල තියෙනවනේ. දැන් වෛරසයේ පිටපතක් අලුතින් හැදෙන හැම වෙලාවකම වගේ මේ එකතු කරපු කෑල්ලක් භාවිතයට ගැනෙනවා. මේවට කියන්නේ ප්‍රයිමර්ස් කියලා.
මිශ්‍රණයට පොසිටිව් ප්‍රයිමර්ස් හා නෙගටිව් ප්‍රයිමර්ස් දෙවර්ගයම එකතු කරනවා. එක වර්ගයක් අවශ්‍ය වෙන්නේ වෛරසයෙන් අච්චු හදන විට. අච්චු වලින් වෛරස් හදන කොට අනිත් වර්ගය අවශ්‍ය වෙනවා.
දැන් මම තවත් කරුණක් කියන්නම් බල්බ් වැල හදාගන්න රටාවක් හොයන කොට ඒක හම්බ වුනත් ඒ හම්බ වුන කෑල්ලේ අග අවශ්‍ය නොවන පාටක එක බල්බ් එකක් තියෙනවා. දැන් මොකද කරන්නේ? කෑල්ලම නොගෙන තනි තනි බල්බ් අමුණනවද නැත්නම් අර බල්බ් එක අයින් කරලා කෑල්ල ගන්නවද? තනි තනි බල්බ් අමුණන එක තේරුමක් නැහැනේ. අන්තිම බල්බ් එක අයින් කරන එක වඩා කාර්යක්ෂමයි. අර මම කියපු ප්‍රයිමර් වලත් මේ වගේ අමතර කොටසක් තිබෙනවා. ප්‍රයිමර් එක සම්බන්ධ වෙන කොට ඒ කෑල්ල කැඩිලා මිශ්‍රණයට එකතු වෙනවා. අපි මේ කෑල්ලට කියමු රිපෝටර් ප්‍රෝබ් එක කියලා.
දැන් අපි සැක සහිත ආසාදිතයෙකුගේ නාසයෙන් හෝ උගුරෙන් ගන්න ජීවද්‍රව්‍ය සාම්පලයක් පීසීආර් පරීක්ෂණ උපකරණයකට දමලා තාප චක්‍ර ක්‍රියාත්මක කරන වාරයක් පාසා සාම්පලයේ තිබුණු හැම වයිරසයකින්ම පිටපත් ගණනක් හැදෙනවා. මේ විදිහට මුල් සාම්පලයේ තුබුණු ආර්එන්ඒ අණු ටික ඝාතීය ලෙස වර්ධනය වෙනවා. පිටපතක් හැදෙන හැම වෙලාවකම රිපෝටර් ප්‍රෝබ් එකක් මිශ්‍රණයට එකතු වෙනවා. මේ විදිහට එකතුවන රිපෝටර් ප්‍රෝබ් ප්‍රමාණය එක සීමාවක් පැන්න ගමන් සංඥාවක් නිකුත් කරනවා. එය සිදු වන විට වයිරසයේ පිටපත් ඉතා විශාල ගණනක් හැදිලා.
රෝගියාගෙන් ගත්ත මුල් සාම්පලයේ RNA පිටපත් විශාල ප්‍රමාණයක් තිබුණානම් තාප චක්‍ර 20ක් පමණ යන කොට සංඥාව එනවා. පිටපත් ගණන අඩුයිනම් සංඥාව එන්නේ චක්‍ර 30ක් වගේ ගණනක් ගියහම. රෝගියාගේ වෛරල් ලෝඩ් එක වැඩි වූ තරමට අඩු චක්‍ර ගාණකින් සංඥාව ලැබෙනවා. පීසීආර් පරීක්ෂණයක් කරන කෙනෙකුට ප්‍රතිඵලය සේ ලැබෙන්නේ මේ චක්‍ර ගණනයි. එය C(t) අගය ලෙස හැඳින්වෙනවා. චක්‍ර 40ක් වැනි නිශ්චිත ප්‍රමාණයකට පසුව සංඥාව ආවේ නැත්නම් ආසාදනය වී නැති බව නිගමනය කරනවා.
පීසීආර් පරීක්ෂණ හදා තියෙන්නේ මුලින් ලබා ගන්නා ජීව ද්‍රව්‍ය සාම්පලයේ අඩු වශයෙන් RNA පිටපත් කිසියම් අවම ගණනක් (100ක් කියමු) තිබෙනවානම් චක්‍ර 40 යනකොට සංඥාව ලැබෙන ආකාරයටයි. බොහෝ විට ආසාදිතයෙකුගේ ජීව ද්‍රව්‍ය සාම්පලයක RNA පිටපත් ඊට වඩා විශාල ප්‍රමාණයක් තියෙනවා. නමුත්, වෛරසය ආසාදනය වූ මුල් දවස් වලත්, ආසාදනය පාලනය වීමෙන් පසුවත් ජීවද්‍රව්‍ය සාම්පල වල RNA පිටපත් අවශ්‍ය අවම ප්‍රමාණය නොතිබෙන්න පුළුවන්. ඒ නිසා, පරීක්ෂණ ප්‍රතිඵලය සෘණ වෙන්න පුළුවන්.
සාමාන්‍යයෙන් පීසීආර් පරීක්ෂණයකින් වරක් හෝ කෙනෙක් පොසිටිව් ලෙස හඳුනාගත්තානම් එයින් අදහස් වෙන්නේ අදාළ පුද්ගලයා ඇත්තටම පොසිටිව් කියන එකයි. දෙවන වර පරීක්ෂා කරන විට සිරුරේ වෛරසය පාලනය වී තියෙන්න පුළුවන්. නමුත්, නෙගටිව් කියන එකෙන් හරියටම නෙගටිව් බව ස්ථිරව කියන්න බැහැ. නැවත පරීක්ෂා කරන විට වෛරසය වර්ධනය වී පොසිටිව් වෙන්න පුළුවන්. මෙය පීසීආර් පරීක්ෂණ සම්බන්ධව පිළිගත් කරුණක්.
එහෙම තියෙද්දී වරක් කෝවිඩ්-19 ආසාදනය වූ අයෙක් සේ හඳුනාගත් අයෙක් පසුව එසේ නොවූ අයෙකු සේ නම් කිරීම ගැටළු සහගත කරුණක්. ඇතැම් විට ඌණ ආසාදිත කියන එකෙන් අදහස් කෙරෙන්නේ පොසිටිව් සංඥාව ආවේ අන්තිම හරියේදී කියන එක වෙන්න ඇති. ඒ කියන්නේ වෛරල් ලෝඩ් එක අඩුයි. එයට හේතුව සුව වෙන්න ආසන්නව සිටීම වෙන්න පුළුවන්. එවිට දෙවන වර නෙගටිව් වෙන්න පුළුවන්. හැබැයි එවැනි කෙනෙක්ගේ පළමු පරීක්ෂණය වැරදි බව නිගමනය කරන්න බැහැ.
ඇත්තටම ආසාදනය නොවූ කෙනෙක් වැරදියට පොසිට්ව් සේ හඳුනා ගැනෙන්න ඉඩ තිබෙන තවත් ක්‍රම දෙකක් තිබෙනවා. පළමු ක්‍රමය පරීක්ෂාව කරන කෙනා විසින් අත් වැරැද්දකින් සාම්පල් මිශ්‍ර කර ගැනීම. දෙවන ක්‍රමය යොදාගත් පරීක්ෂණ කට්ටල දෝෂ සහගත වීම. ඔය දෙකෙන් කොයි එක වුනත් එයින් අදහස් වෙන්නේ කෝවිඩ්-19 පරීක්ෂා කරන ක්‍රමවේදයේ වෙනත් රටවල නැති විශේෂ අවුලක් තිබෙන බවයි. නමුත්, ඔය දෙකම සිදු වී නැත්නම්, එයින් අදහස් වෙන්නේ කෝවිඩ්-19 හැදී සුව වී ඇති බවයි. එය එසේ නොවන බව තහවුරු කළ හැක්කේ
නියමෙට පැහැදිලි වුනා. CPR නිවැරදිතාවය 100% කියන එකේ අවුල දැන් ලිහුනා. ඔහෙට කියන්න ඉකනො. මට ඔය RNA තුනපහ දාන හැටි ඉගෙන ගන්න ආපහු ජීව විද්‍යා ටියුෂන් යන්න උනා කිව්වහම:
ReplyDeleteissa Jananayake - Episode 45 | Coronavirus | මාරාන්තික කොරෝනා වයිරසය
හැබෑටම අර ලාල් කාන්තලෑ ඇනෝ-මී සැට් එකට මොනව වුනාද මන්දා? මීයොන්ට කොරෝනා හැදෙන්නෙ නැතුව ඇති නේද? අපි ඉතිං කොහොමත් මීයොන්ට කැමතියි නෙව, ඒකයි ඇහැව්වෙ.
බස්සෝ, PCR විය යුකුයි , නේද?
DeletePCR යනු Clinical biochemistry වලට අදාල analytical method එකක් නිසා එම test method එනට අනුරූප error එකක් -අනිත් ඕනෑම analytical method එකකට වාගේ (පරීක්ෂණ දෝෂය) තියෙනවා නේද? එසේ නම් ඔබ කොහොමද කියන්නේ PCR ක්‍රමයේ ACCURACY AND PRECISION එක 100% කියලා?
CP-C
CP-C,
Deleteමුලින් අපි මේ වචන වල අර්ථ දැක්වීම් වලට යමු. එසේ නැත්නම් විවිධ විෂයයන් වල එකම වචනය වෙනස් ලෙස අර්ථදැක්වෙන නිසා පටලැවිල්ලක් වෙන්න පුළුවන්. ඔබ අදහස් කරන්නේ වෙනත් දෙයක්නම් අපි ඒ මත පදනම්ව කතා කරමු.
Accuracy = the proximity of measurement results to the true value;
Precision = the degree to which repeated measurements under unchanged conditions show the same results.
ඔබ කියනවා වගේම කිසිම විටක ACCURACY හෝ PRECISION 100% වෙන්නේ නැහැ. මේ දෙකෙන් කොවිඩ්19 හා අදාළව Precision කියන එක අපට මැනගන්න ලැබෙන්නේ එකම හෝ ආසන්න අවස්ථාවක සාම්පල් දෙකක් අරගෙන ලැබ් දෙකක පරීක්ෂා කිරීම වැනි ක්‍රමයකින් පමණයි. අවස්ථා දෙකකදී ගන්න සාම්පල් සංසන්දනය කරන්න බැහැ. ඒ නිසා, අපට ප්‍රායෝගිකව Precision ගැන කතා කරලා වැඩක් නැහැ. මොකද අවස්ථා දෙකක ගන්න නියැදි වලින් වෙනස් ප්‍රතිඵල ලැබෙන එක Precision ප්‍රශ්නයක් වෙන්න හෝ නොවෙන්න පුළුවන්. "under unchanged conditions" නොවන නිසා.
අපි ACCURACY වලට ගියොත් මෙතැන ගන්න mesurement එක continuous distribution එකක තිබෙන අගයක් නෙමෙයි. Discrete අගයක්. true value එක එක්කෝ 1 (positive) නැත්නම් 0 (negative). ඒ වගේම, අපි ගන්න mesurement එකත් (test result එක) 1 (positive) නැත්නම් 0 (negative). මේ වගේ Discrete mesurement එකක් ගැන කතා කරද්දී ACCURACY සහ PRECISION ගැන කතා කරනවාට වඩා ගැලපෙන්නේ sensitivity සහ specicificity ගැන කතා කරන එකයි. Virul load වගේ එකක mesurement එක කෙළින්ම ගන්නවනම් ACCURACY හා PRECISION වඩා ගැලපෙනවා. ඔබ අනිවාර්යයෙන්ම දන්නවා ඇති වුවත් අප කතා කරන්නේ එකම දෙයක් ගැන බව තහවුරු කර ගැනීම සඳහා මම අර්ථදැක්වීම් දෙන්නම්.
sensitivity = proportion of true positives that are correctly identified
specicificity = proportion of true negatives that are correctly identified
කලින් කතා කළ ACCURACY කියන එක මේ දෙකේ කලවමක්. පහත අවස්ථා තුනේදීම ACCURACY එක සමාන වෙන්න පුළුවන්.
අ) sensitivity හොඳටම අඩු නමුත් specicificity වැඩියි
ආ) specicificity හොඳටම අඩු නමුත් sensitivity වැඩියි
ඇ) sensitivity සහ specicificity දෙකම යම් පමණකට.
ඕනෑම පරීක්ෂණයක sensitivity සහ specicificity 100%ට අඩුයි. කිසියම් නිශ්චිත ACCURACY එකක් තබාගෙන sensitivity අඩු කරන විට specicificity වැඩි වෙනවා. specicificity අඩු කරන කොට sensitivity වැඩි වෙනවා. ඒ නිසා, කිසියම් පරීක්ෂණයක් සැලසුම් කරන විට අවශ්‍යතාවය අනුව specificity හා sensitivity බැලන්ස් කළ යුතුයි. ඇතැම් විට හොඳම බැලන්ස් එක එන්නේ ACCURACY එක අඩුම අවස්ථාවේ නොවෙන්න පුළුවන්.
කොවිඩ්-19 පීසීආර් ටෙස්ට් වල sensitivity අඩු වුනත් specicificity ගොඩක් වැඩි කරලයි test protocal එක හදලා තියෙන්නේ. එය 100% කියා කියන එක සෛද්ධාන්තිකව නිවැරදි නැති වුණත් 100%ට ඉතාම ආසන්නයි. නමුත්, sensitivity එක ගොඩක් අඩු නිසා ACCURACY එක 60-70% තරම් අඩුයි. ACCURACY එක එතරම්ම අඩු වුනත් ඒ අඩුවට මුළුමනින්ම වගේ හේතු වෙන්නේ false negatives. ලැබ් එකේදී contaminate වුනේ නැත්නම් false positives එන්න ඉතාම අඩු ඉඩකඩක් තියෙන්නේ.
එක එක සමාගම් විසින් හදන test වල maxium thermal cycle ගණන සහ fluorescent signal එක එන්න අවශ්‍ය RNA පිටපත් ගණන අනුව (සහ RNA target අනුව) sensitivity සහ specicificity වෙනස් වෙන්න පුළුවන්. මේ හා අදාළ සංසන්දනාත්මක තොරතුරු හොයා ගන්න එක ටිකක් අමාරුයි. හැබැයි බොහෝ විට සිදු වී තිබෙන්නේ මුලින් හදපු ටෙස්ට් වල specicificity එක තව තවත් වැඩි කරමින් අලුත් ටෙස්ට් හදන එකයි.
මේ මට තේරෙන විදිහ. කුමක් හෝ වැරැද්දක් තිබෙනවානම් සඳහන් කරන්න.
PCR නේන්නම්. වැරදුනා . තව වැරැද්දක් තමා , කියන්න ඕන වුනේ PCR වල නිරවද්‍යතාවය 100% නෑ කියල කියන කතාව කියලයි. දැන් මේ පැහැදුලි කීරීම නිසා ඒ ඇයි කියල හිතාගන්න ඇහැකි.
Deleteදෙන්නටම ස්තූතියි.
තේරුණා..දැන්නම් නියමෙටම තේරුණා, කැම්පස් level එකටම. දැන් ඉතින් තවත් ඉතුරු වෙලා තියෙන්නේ PCR එකක් ලඟට ගිහින් වැඩේ කරන්න තමයි. ස්තුතියි ඔබට!
DeleteCP-C
False negatives have been reported in many other countries and currently a hot topic in academia. False negatives are NOT as common as false positives though.
DeleteThe standard reporting practice adopted by most of the other countries is to repeat the test if he/she does not show at least two out of 4/5 basic symptoms before reporting as an infected. Report as an infected only if subsequent tests turn out be positive. Probably Sri Lanka will change their reporting practice accordingly.
You can find a link below to one such article published by two "Sudda like" fellows so most of you would trust without much questioning.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v1
No wonder. If I can remember right more than 100 dead people resurrected couple of days after the Easter attack last year.
Correction :
DeleteFalse positives have been reported in many other countries and currently a hot topic in academia. False positives are NOT as common as false negatives though.
AnonymousMay 9, 2020 at 8:41 PM
DeleteThis unpublished preprint which has been uploaded to MedRXiv last week is a meta-analysis based on 20 EQAs of diagnostic laboratories assaying RNA viruses during 2004-2019. None of these EQAs are based on SARS-CoV2. The FFR (and other statistics) of a PCR test depends on its design features and the design parameters are calibrated based on the characteristics of the disease related the particular RNA, the statistical distribution of the expected number of RNA copies in a sample for example. Since these design features vary for each test, even various RT-PCR tests designed to detect SARS-CoV2 have different statistical features. So, applying the results based on 20 very different PCR tests to this case is at best suggestive evidence. Though this piece does not provide strong support, I do not dispute your claim. Technical specifications of RT-PCR test kits designed for Covid-19 at this level are hard to find. In what I could find, the cross-validation results were presented showing 100% sensitivity, which of course does not rule out theoretical statistical error. Some test kits may produce relatively high FFRs even though test kits with extremely low FFR are available. Best source of information is tech specs of the manufacturer, if available. Since the test kits related to this disease were developed in a very short time and got approval for emergency use without passing through the usual regulatory process, it is natural that there are many unknowns.
I gave the link to show that false positives are not unique to Sri Lanka as your article could cast some doubt about this report among some readers. That is detrimental to the on going efforts in the fight against Corona and hence trying add more clarity.
DeleteFalse positives are not due to any of the reasons you were trying to indicate but due to the inherent failure of PCR methodology in distinguishing the live virus from the dead one. This is normally compensated by using better primers and probes but the ones in use today for detection of Corvid-19 do not completely compensate it. However the false positives do not pose any threat of spreading the virus and repeated tests with clinical features can substantiate. The numbers are very minimal too so it does not cause major concerns.
Dead virus could be found in your body at two stages. A. your immune system has successfully nuked it without getting infected B. Infected and recovered i.e the virus has impacted some of your organs before the immune system has successfully killed the virus completely.
It is the very explanation for the cases reported positive for a second time as well. South Korea reported significant number of this category mainly because they had performed the highest number of tests per million of population at that time
Both the cases you describe as A and B above are included in the case counts reported by other countries. Your explanation, if correct, suggests that Sri Lanka uses a different more restrictive definition for Covid-19 than other countries and define only an acute infection (when tested at a government facility) as a true positive case. The cases known as asymptotic cases and those detected through antibody seroprevalence usually belong to categories A or B.
DeleteMoreover, if the objective is to detect live viruses a second test often does not help. [I simply use the terms dead and live following your definition and do not plan to go deeper into the concept of liveness here.] Given the probability of a false positive being very low and the probability of a false negative being very high, if there is a discrepancy, the chances that the second (negative) result is incorrect is much higher than the first result being incorrect. More importantly, the second negative result does not rule out the possibility that the patient was infected and recovered in between tests (case B). Therefore, its WRONG TO DECLARE that the first result is wrong, based on the second result. Only an antibody test can confirm that the patient has never been infected. That’s exactly what I argued.
I believe that the South Korean cases you refer to are those which were once presented in media as reinfections but in fact were the dead viruses from a previous infection. [Excuse me if you refer to something else] In those cases (case B), the second PCR test did not suggest an acute infection. However, those results supported the results of the first test rather than rejecting. South Korea did not declare those cases as “never infected” and in that sense they were not false positives. PCR tests used in Sri Lanka may have a lower specificity that demands a second test before confirming that a person is Covid-19 positive and some counties may be using similar less accurate tests. I don’t know. What I do know is that there are PCR tests for Covid-19 which doesn’t require a second test to confirm the result of the first. This doesn’t mean that those tests are 100% accurate but a second result is highly correlated with the first result and therefore a repeated test does not solve the problem.
My honest personal opinion is that the false positive rates in Sri Lanka, as announced officially, do have a unique pattern after separating as the cases tested at the government-owned laboratories and the privately-owned laboratories, of course based on media reports.
You are horribly wrong my friend.
Delete"The cases known as asymptotic cases and those detected through antibody seroprevalence usually belong to categories A or B."
This is utter bull*** going by the theories, standards or practices of virology and Microbiology. Even your probability story you need to brush up your statistics knowledge of probability of two independent events.
That is why its very important others with limited or no knowledge in these subjects should refrain from publishing their own ideas in a critical situation like the whole world is in today.
As far as I observed from outside, Sri Lankan health authorities deviate from other countries only when they report cases described under A and correct the numbers subsequently. No country counts cases of B as Corvid19 positives nor does Sri Lanka( Unfortunately I have no link with authorities there to confirm this(case B) as I live out of the country ).
So, you have agreed that Sri Lankan health authorities have deviated from other countries in case A. I didn’t mean that most of the B cases are included in the statistics of other countries or they are deliberately counted. What I meant was that I do not see a mechanism that ensures they are completed eliminated when statistics are complied. I still don’t.
DeleteThis may be possible if what you wrote in your above comment is correct. i.e., “The standard reporting practice adopted by most of the other countries is to repeat the test if he/she does not show at least two out of 4/5 basic symptoms before reporting as an infected.”
Could you please share any links on these guidelines? At least at CDC which has detailed guidelines, I did not find such a recommendation.
// Even your probability story you need to brush up your statistics knowledge of probability of two independent events.//
My exact point is that the two events are not independent but highly correlated.
//You are horribly wrong my friend.
Delete"The cases known as asymptotic cases and those detected through antibody seroprevalence usually belong to categories A or B."
This is utter bull*** //
Do you say that there’s no immune response that can be detected by a subsequent antibody test if a case belongs to categories A or B? If so, my understanding is wrong. Please educate me.
//This is utter bull*** going by the theories, standards or practices of virology and Microbiology.//
DeleteIt's easy to say simply that something is "utter bull***". Such statements are utter bull*** unless substantiated by clear facts and/or reasoning. I still wait for your explanation so that I can educate myself in case if anything in my original article or in the comments are wrong. Your comments have only convinced me that Sri Lankan authorities are probably deliberately suppressing the numbers for political or other reasons.
//එය එසේ නොවන බව තහවුරු කළ හැක්කේ ප්‍රතිශක්තිකරණ පරීක්ෂාවක් කිරීමෙන් පමණයි//
ReplyDeleteමහත්මයා, මේ ඔබ අදහස් කලේ ප්‍රතිදේහ (antibody) පරීක්ෂාව ද? ප්‍රතිිශක්තිකරණ පරීක්ෂාව යනු කුමක්ද ?
CP-C
ඔව්, මම අදහස් කළේ එයයි. ඇත්තටම වඩා ගැලපෙන වචනය ප්‍රතිදේහ පරීක්ෂාවක් කියන එකයි.
Deleteශ්‍රීලංකාවේ අපි පිළිගන්නේ නාත දෙවියන් හීනෙන් නිර්දේශකරනු ලබන ක්‍රමවේදයයි.
ReplyDeleteඅපේ ඉන්නේ ලෝකයේ කෙටිම කලක් අසාධිතවූ දිස්ත්‍රික්කයේ වෙන්න ඔනි, මහ රෑ ආසාධිත පාට ලැබුනා උදේ වෙනකොට ක්ලියර්. පොසිටිව් වුනා කියා ගෙනිච්ච අය දැන් නෙගටිව් ලූ,ඒ දවස්වල ඒ අය නෙගටිව් වුනා කියල මාධ්‍ය වලින්වත් කීවේ නම් නෑ. හැබැයි ඉතින් තැන් තැන් වල බැරියර් දාලා ඇතුළුවීම තහනම් කරපු කෑලි නම් තියනවා, ඒවා කීයක් තියනවාද කියා බලදාරීන්නම් දන්නවා ඇති අපි නම් නොදනිමු. මැරිච්ච අය නෙගටිව් වෙලා හරි ලොක්ඩව්න් ඒක ඉවරවුනේ නැති නම් ???
ReplyDeleteපාඩම නියමෙට තේරුනා.
ReplyDeleteමහත්මයා, ඔබ ඉදිරිපත් කරන ලිපිවල ඇති අන්තර්ගතය දිරවා ගැනීමට හැමෝටම එකම සීඝුතාවයෙන් කරන්න බැහැ. ඒකෙන් යම් පිරිසකට අසාධාරණයක් වෙනවා.ඔබ විසින් ඉදිරිපක් ගරන ලිපිවල ඇති ඉහල තාක්ෂණික කාරණා අප දැනටමත් දන්නා දේවල් සමඟ ගලපාගෙන ඉදිරියට යන්න එක් එක්කෙනාට වෙනස් වෙිලාවක් ගතවෙනවා. නමුත් එහෙම කියලා අලුත් ලිපි පල කරන එක ප්‍රමාද කරන්නත් බැහැ. මක්නිසාදයත් , එච්චර ලොකු පරාසයක තොරතුරු සහ සිද්ධීන් වෙනස් වන නිසා.මේ තත්වයට පිලියමක් ලෙසට මම යෝජනා කිහිපයක් ගෙනෙනවා.
ReplyDelete1. තාක්ෂණික පද ඉංගිරිසි බසෙනුත් ලියන්න. ඒවා ගැන තොරතුරු පසුවට හෝ එවිට සොයා ගත හැකි වනුු ඇත.
2. හැකිතරම් වගු, ප්‍රස්තාර, සමීකරණ සහ විසඳු උදාහරණ දෙන්න.
3. හැකි නම් උපමාතෘකා යොදන්න.
4. දැනටමත් ඔබ කරනා පරිදි එක විශයකට අදාලව ලිපි කිහිපයක් ලියන්න. ප්‍රයෝජනවත් සංවාදයක් මතුවෙන බව පෙනේ නම් ඊට ඉඩ දෙන්න. (කෘෂිකර්මය තුල සමාජවාදී අර්ථ ක්‍රමය පිලිබඳව අජිත් ධම්ම මහතා යම් අදහසක් මතු කලත් එයට ඉඩ ලැබුනේ නැති බව තමයි මට පෙනුනේ)
ජය!
CP-C
CP-C,
Deleteඔබේ යෝජනා වලට ස්තුතියි!
අපේ අස්ථිර ජීවිත කොයි වෙලාවේ අවසන් වෙයිද කියා දන්නේ නැහැනේ. කොයි වෙලාවේ හෝ අනිවාර්යයෙන්ම මටත් වෛරසය මුහුණට මුහුණ හමු වෙනවා, ඊට පස්සේ වෙන්නේ මොකක්ද කියන එක තීරණය වෙන්නේ මගේ සිරුරේ ප්‍රතිශක්තිය මතයි.
එහෙම නැතත්, පෝස්ට් එකක් ලියන්න වෙලාව හොයා ගන්නේ ගොඩක් අමාරුවෙන්. වෙලාවක් ලැබුණු විට එක දිගට ටයිප් කරලා පබ්ලිෂ් කරනවා. බොහෝ විට දෙවන වරට කියවන්නේවත් නැහැ. ලියන්න හිතේ තියෙන දේවල් වලින් අංශු මාත්‍රයක් තමයි තවම ලියල තියෙන්නේ. අවශ්‍ය හැම දෙයක්ම කවදාවත් ලියන්න ඉඩ ලැබෙන එකක් නැහැ. ඒ වගේම වැඩ හිර වුණාම සති ගණන් කිසිවක් ලියන්න නොලැබෙන කාලවල් තියෙනවා.
මුල් කාලයේදී මම ලියපුවා එක වර පළ නොකර කිසියම් පරතරයක් තියා ගෙන පළ කළා. එහෙත්, දැන් කියවන අය වැඩි දෙනෙක් මගේ රටාවට පුරුදු වෙලා ඉන්නේ. මෙහි ආපු වෙලාවට පරණ ඒවත් එක්ක කියවනවා. සමහර අලුතෙන් එන අය අග සිට මුලට හෝ මුල සිට අගට පරණ ලිපි කියවනවා. ගොඩක් ලිපි පළ කරන්නේ කවදා හෝ දවසක අවශ්‍ය කෙනෙක්ට කියවන්න. සමහර විට අප ජීවත්ව නොසිටින දවසක වෙන්න පුළුවන්.
කියවන අයගේ රුචිකත්වයන් විවිධයි. එකම මාතෘකාව එක දිගට ලියන කොට ඒ මාතෘකාවට කැමති අය කැමති වුණත් වැඩි කැමැත්තක් නැති අයට එපා වෙනවා. වරින් වර මාතෘකා මාරු කරන්නේ ඒකයි. අනිත් එක මගේ ඔලුවේ මේ හැම දෙයක්ම තියෙන්නේ කලවමේ. ඒ මිසක්, පෙර මාතෘකාව අත ඇරලා නැහැ.
අවශ්‍ය කෙනෙකුට පරණ ලිපි වලට ප්‍රතිචාර දක්වන්න පුළුවන්. අජිත් මේ බ්ලොග් එක පටන් ගත් කාලයේ සිටම ප්‍රතිචාර දමනවා. සමහර විට ඔහු සතියකට පමණ පසු ඇවිත් පරණ පෝස්ට් සියල්ලටම ප්‍රතිචාර දමාගෙන යන වෙලාවල් තිබෙනවා. සමහර වෙලාවට වැඩි දෙනෙක් දකින්නේ නැතුව සාකච්ඡාව දිගට යන අවස්ථා තිබෙනවා. ඒ නිසා, අලුත් ලිපියක් පළ කළා කියා පරණ සාකච්ඡාව නවතින්න අවශ්‍ය වෙන්නේ නැහැ.
සාමාන්‍යෙයන් ජනප්‍රිය නිවුස් ආටිකල් එකක් වගේ බලන අයගෙන් සියයට අනූවකට වඩා තේරුම් යන්න බ්ලොග් වල ලියන්න ඕනි නැහැ..එහෙම ලියන්න ගියොත් ඒක ලියන්නාට අමතර හිසරදයක්. වෘත්තිය ලියන්නෙක්ට නම් ලිවීමෙන් මුදල් ලැබෙන නිසා ඔහුට ඒ සදහා කාලය කැපකිරීම අවුලක් නැහැ..ඒත් එහෙම නැති බ්ලොග් ලියන කෙනෙක්ට හැමෝටම තේරෙන්න ලියන්න ඕනි නැහැ.
Deleteඅනේ දිගටම ලියන්න. පොඩි විවේකයක් ගත්තාම මදැයි. මම වගේ අය ලෝකය බලන්නේ ඔබ වැන්නවුන්ගේ ඇහෙන්.... බාගෙට. ස්තුතියි!
ReplyDeleteඇත්තමද දන්නෙත් නැහැ. අපේ රටේ ඔය පරීක්ෂාවන් වැඩියම කෙරෙන්නේ රජ පවුල්වල උදවියටලු!
මමත් මෙ දවස් වල ආසාවෙන්ම කියවන ලිපි පෙල. කොවිඩ් ගැන කියවපු හොන්දම ලිපිය.
ReplyDelete//කොයි වෙලාවේ හෝ අනිවාර්යයෙන්ම මටත් වෛරසය මුහුණට මුහුණ හමු වෙනවා, ඊට පස්සේ වෙන්නේ මොකක්ද කියන එක තීරණය වෙන්නේ මගේ සිරුරේ ප්‍රතිශක්තිය මතයි//
ReplyDeleteහ්ම්ම්... අනාගතය ගැන මට නං මැවෙන්නෙ අඳුරු චිත්‍රයක්. නවීන විද්‍යව, තාක්ෂණය නිසා මිනිස් වර්ගයා දියුණු වෙනවා කියා සිතා සිටි විශ්වාසය දැන් පළුදු වෙමින් පවතිනවා.
කොරෝනා නිසා මේ වන විනාසය, අහඹු සිදුවීමක්, අත්වැ‍රැද්දක් කියා සිතෙන්නේ නෑ. චීනෙ නං කියන්නෙ " නෑ, නෑ එව්ව හොයන්න එන්න ඕනෙ නෑ" කියලයි. මෙතන මොකක් නමුත් ලොකු අවුලක් තියනවා කියල හිතෙනවා, ඒත් සාක්කි නෑ. ඒවා හොයන්න හදන අයට චීනෙ තර්ජනය කරනවා.
මේ ප්‍රශ්ණෙන් බැටකන අපට, මොකද වුනේ කියල දැණ ගන්න අයිතියක් නැත්ද? නැත්නම් ඒ අයිතිය" නෑ, නෑ උඹලට එව්ව දැණගන්න අවශ්‍ය නෑ. අපි වගේ දැණ උගත් අය එව්වා බලා ගන්නම්" කියන ටිකදෙනෙක් අනිත් අය ගැන තීරණ ගන්න දර්ශණයෙන් කප්පාදු කරලද?
මමනම් එහෙම සෘණාත්මක ලෙස දකින්නේ නැහැ. යම් පිරිසක් මැරෙයි. සමහර විට මම වුනත්. එහෙත්, මේ වෛරස් තර්ජනය නිසාත් වෙන්නේ ලෝකය බොහෝ අංශ වලින් ඉදිරි පිමි පනින එකයි. මම හිතන දේවල් ඉදිරියේදී ලියන්නම්.
Deleteදෙවන කරුණ ගැනත් මම එතරම් වද වෙන්නේ නැහැ. වෛරසය ආවේ කොහොමද කියන එකට වඩා වැදගත් කරුණ එයට මුහුණ දෙන්නේ කොහොමද කියන එකයි.
This comment has been removed by the author.
ReplyDeleteබසු, 1986 දී ශෙර්නොබිල් න්‍යාෂ්ඨික බලාගාරය පුපුරපු වේලාවේ සෝවියට් කොමියුනිස්ට් පක්ෂය ඒක ලෝකෙයෙන් හැංගුවා. එතකොට 2919 දී චීන කොමියුනිස්ට් පක්ෂය මේ වූහාන් සිද්ධියටත් ඒ වාගේම දෙයක් නේද කලේ?
ReplyDeleteඅනේ අපි දන්න ස්ටාලින්වාදය සහ නොදන්න මාඕවාදය..
මුං ඔක්කෝම පල් හොරු!
CP-C
CP-C.
DeleteWikiLeaks වල අඩුව එදාටත් වඩා තේරෙන්නෙ අදයි WikiLeaks කියන්න තනිකරම අසාන්ජේ නෙමෙයි, ඔහු අසාධාරණය දකින ඒත් කතාකරන්න හඬක් නැති අයට වේදිකාවක් තැනුව විතරයි. ඒත් අසාන්ජේ කියන්නෙ බල්ලෙක්වගේ ඇදගෙන ගිහිල්ලා කූඩු කරන්න තරම් වරදක් කරපු හෙනෙක් නෙමෙයි. අද හිරේ දාන්න ඕනෙ එවුන් එලියෙ.
UK,US දිට්ථදම්ම වේදනීය කර්මද මන්දා?
Please read the news at the link below.
ReplyDeletehttps://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/has-the-new-coronavirus-mutated-to-be-more-contagious-experts-weigh-in-1.4930666
It will mute.Rest of the Corona virus family does that. It's just a matter of time.
DeleteThanks! I usually monitor data added to GISAID.
Delete